Suaka Margasatwa = Suaka Sampah
Pencemaran perairan yang disebabkan oleh limbah padat dan cair di kali Angke memberikan dampak yang cukup besar bagi SMMA. Berdasarkan hasil pemantauan kualitas air Kali Angke oleh BPLHD DKI tahun 2005 menunjukkan bahwa ada beberapa indikator pencemaran limbah cair yang telah melebihi ambang batas, seperti phosphat mengalami peningkatan 34 % dari ambang batas (0,5 mg/L) menjadi 0,67 mg/L. Sedangkan surfaktan meningkat sekitar 154 % dari ambang batas 0,5 mg/L menjadi 1,27 mg/L.
Kedua parameter tersebut merupakan indikator pencemaran air yang disebabkan oleh detergent. Dampak yang ditimbulkan adalah tumbuh suburnya tanaman gulma seperti Eceng gondok. Sedangkan untuk beberapa parameter pencemar yang lain seperti mangan, seng, sulfat, minyak dan lemak masih di bawah ambang batas tapi perlu diwaspadai keberadaannya di sungai Angke. Sedangkan pencemaran berupa limbah padat di SMMA antara lain berupa styrofoam, tas plastik, botol, plastik kemasan, kayu, dan lain sebagainya. Dari hasil pemantauan Suku Dinas Kebersihan Jakarta Utara, limbah padat SMMA yang dapat diangkut sekitar 40 m3/hari. Limbah padat yang masuk ke kawasan SMMA ini mengancam kelangsungan hidup tanaman bakau, karena berpotensi besar untuk menutup perakaran serta menghambat pertumbuhannya.

Asal Nama Muara Angke
Muara Angke berasal dari nama seorang panglima perang kerajaan Banten yang berperang melawan Belanda. Para ahli sejarah memperkirakan bahwa kata angke berasal dari nama panglima perang kerajaan Banten yaitu Tubagus Angke (Tubagus adalah gelar kebangsawanan kerajaan Banten). Saat itu, kerajaan Banten mengirim pasukannya untuk membantu kerajaan Demak yang sedang menggempur benteng Portugis di Sunda Kelapa (Jakarta). Sungai di mana pasukan Tubagus Angke bermarkas kemudian dikenal sebagai Kali Angke dan daerah yang terletak di ujung sungai dikenal sebagai Muara Angke.

Bubut Jawa
Bubut Jawa (Centropus nigrorufous) atau dalam bahasa Inggris dikenal sebagai Javan Coucal merupakan salah satu burung endemik Jawa yang hidup di SMMA. Spesies ini diketahui menghuni daerah pesisir yang banyak ditumbuhi pohon mangrove dan nipah. Secara spesifik burung ini sering menggunakan daerah rawa yang di dominasi oleh tumbuhan gelagah Saccharum, Acrosticum, Imperata dan Nypa (Andrew, 1990).
Bubut jawa telah dimasukkan ke dalam kategori burung terancam punah di dunia dengan status rentan vulnerable (BirdLife International, 2001). Status ini memiliki arti bahwa spesies ini memiliki peluang untuk punah lebih dari 10% dalam waktu 100 tahun, jika tidak ada upaya serius untuk melindungi populasi dan habitatnya (Shannaz et al. 1995). Ancaman utama terhadap spesies burung yang pemalu ini ialah pengrusakan dan hilangnya sebagian besar habitat yaitu hutan mangrove dan rawa di daerah pesisir. Meskipun sebelum tahun 1950–an diyakini tersebar di daerah pesisir utara Pulau Jawa, namun pada saat ini, selain di SMMA, bubut jawa hanya tercatat dari beberapa daerah seperti Muara Gembong, Cangkring, Muara Cimanuk, Ujung Pangkah, Sidoarjo dan Cilacap (BirdLife International, 2001).

Bangau bluwok
Bangau bluwok Mycteria cinerea merupakan jenis bangau yang masih dapat dijumpai di kawasan SMMA. Burung ini memiliki ukuran 92 cm dengan bulu putih di seluruh tubuhnya kecuali pada bagian sayap primer dan ekor yang berwarna hitam.
Bangau bluwok telah dimasukkan ke dalam kategori burung terancam punah di dunia dengan status rentan vulnerable (BirdLife International, 2001). Status ini memiliki arti bahwa spesies ini memiliki peluang untuk punah lebih dari 10% dalam waktu 100 tahun, jika tidak ada upaya serius untuk melindungi populasi dan habitatnya (Shannaz et al. 1995). Ancaman utama terhadap spesies ini ialah pengrusakan dan hilangnya sebagian besar habitat berupa hutan mangrove dan dataran lumpur di daerah pesisir. Di Pulau Jawa, bangau bluwok diketahui hanya berbiak di Suaka Margasatwa Pulau Rambut yang berjarak kurang lebih 19 km dari Muara Angke. Keberadaan SMMA merupakan bagian yang tak terpisahkan bagi upaya pelestarian spesies ini baik di pantai utara Pulau Jawa maupun di Pulau Rambut.

Terbesar dan Terkecil
SMMA dihuni oleh aneka jenis burung mulai dari yang berukudan sangat besar seperti bangau bluwok Mycteria cinerea yang berukuran hampir 1 meter hingga yang terkecil remetuk laut (Gerygone sulphurea) yang berukuran tidak lebih dari 2 jari orang dewasa.