Berkurangnya Lokasi Makanan di Pantai Utara
Burung-burung air yang berbiak dan menghuni Pulau Rambut menggunakan areal lahan basah (persawahan, tambak, hutan bakau dan rawa) di sepanjang Pantai Utara Jawa sebagai lokasi mencari makan. Oleh karena itu kelangsungan hidup mereka sangat tergantung dari keberadaan lahan basah tersebut. Namun pada saat ini areal lahan basah yang ada sebagian besar telah diubah menjadi areal industri, pergudangan dan perumahan. Beberapa burung air juga sangat mengandalkan keberadaan areal persawahan sebai tempat mencari makan. Areal persawahan ini sangat rentan terhadap perubahan fungsi karena sebagian besar adalah lahn-lahan milik masyarakat.

Pencurian Keanekaragaman Hayati
Masyarakat pulau Untung Jawa yang hidup tidak jauh dari Pulau Rambut, sebagian besar bermata pencaharian sebagai nelayan. Permasalahan muncul ketika mereka mulai sulit memperoleh ikan karena cuaca yang buruk dan sebagainya. Pada saat itulah banyak penduduk yang datang ke Pulau Rambut untuk mengambil tumbuhan dan hewan yang bisa di konsumsi oleh mereka. Kebanyakan jenis yang diambil ialah dari kelompok kelompok siput laut dan kerang laut, namun terkadang pula burung air. Meskipun berdasarkan undang-undang aktivitas ini dilarang, namun petugas yang ada tidak berdaya untuk mencegahnya. Jika hal ini tidak diatasi dikhawatirkan terjadi overeksploitasi, sehingga dapat mengakibatkan kepunahan suatu spesies.

Kematian Hutan Bakau
Menurunnya kondisi lingkungan di sekitar Teluk Jakarta membawa dampak berupa kematian sebagian besar pohon bakau. Meskipun telah dilakukan kegiatan reboisasi oleh berbagai unsur masyarakat, namun ternyata tingkat kesuksesannya sangat rendah. Dari luas keseluruhan hutan bakau (13,26 ha), sebagian besar telah mengalami kerusakan seluas 3,12 ha (1989). Pada tahun 1996 jumlah hutan bakau yang rusak bertambah menjadi 7,70 ha atau setengah dari luas hutan mangrove.
Menurunnya Keanekaragaman Hayati
Pengambilan kehati oleh masyarakat untuk keperluan sehari-hari berujung pada berkurangnya jumlah kehati yang terapat di dalam kawasan. Kurangnya pengawasan yang dilakukan oleh petugas BKSDA maupun Dinas Kehutanan juga memungkinkan adanya pencurian kehati untuk tujuan komersil. Pada saat ini beberapa spesies kerang dan siput laut mulai sulit ditemukan di Pulau Rambut akibat pengambilan yang tak terkendali oleh masyarakat.

Sampah
Letak Pulau Rambut yang berada di Teluk Jakarta mengakibatkan kawasan ini sepanjang tahun tak pernah lepas dari serbuan sampah. Kebiasaan masyarakat yang tinggal di daratan Jakarta untuk membuang sampah ke sungai, berimbas pada besarnya volume sampah yang masuk ke dalam kawasan ini. Di beberapa bagian pulau terdapat sampah-sampah yang terjebak masuk ke dalam kawasan ketika air laut mengalami pasang tinggi.